مسأله ديگر در مورد ولايت «مطلقه» فقيه است. «ولايت مطلقه» به طور خلاصه يعنى: لزوم اطاعت از رهبر شرعى يك جامعه، در همه چيزهايى كه مردم در امور اجتماعى خود نياز به تصميم حكومتى و جمعى دارند. «مطلق» بودن يعنى اين كه در تمام امور حكومتى بايد از «ولىّ فقيه» اطاعت شود، نه اين كه بخشى از آن مربوط به ولىّ فقيه باشد و بقيه مربوط به دستگاه سياسى ديگرى، و علاوه بر دستگاه ولايت، دستگاه حاكميت ديگرى نيز وجود داشته باشد. در تئورى ولايت فقيه، تمام دستگاه حكومتى، مانند هرم به يك نقطه منتهى مىشود و همه بايد از او اطاعت كنند. در اين نظام، رئيس جمهور هم مشروعيتش به اذن و نصب ولىّ فقيه است. امام خمينى(قدس سره) در اين باره مىفرمايند: «اگر چنان چه فقيه در كار نباشد، ولايت فقيه در كار نباشد، طاغوت است. يا خدا يا طاغوت. يا خدا است يا طاغوت. اگر به امر خدا نباشد، رئيس جمهور با نصب فقيه نباشد غير مشروع است، وقتى غيرمشروع شد طاغوت است، اطاعت او اطاعت طاغوت است.»1
معناى ولايت فقيه اين است كه رأس هرم حكومت يك نقطه دارد و تنها آن كسانى كه جانشين امام معصوم(عليه السلام) هستند، در اين مقام قرار خواهند گرفت. امتياز اينان بر ديگران اين است كه آنها، در يك كلمه، شبيه ترين مردم به امام معصوم(عليه السلام) هستند. در هر زمان كسى كه از لحاظ علم، تقوا و تشخيص مصالح مردم، اشبه به امام معصوم(عليه السلام) باشد، در رأس هرم حكومت قرار مىگيرد و تمام افراد جامعه اعم از فقيه و غير فقيه،