سرانجام ابن سینا در سفری که به همدان می رفت، به بیماری قولنج مبتلا شد، و هرچه معالجه کرد، فایده ای نبخشید، و او در شنبه 6 شعبان یا جمعه اوائل رمضان 428ق در بین راه وفات یافت. پیکرش را به همدان بردند، و در آن جا دفن کردند، و چندی بعد جسد او را به اصفهان نقل کرده، و در دروازه کون گنبد (یا تخت گنبد) مدفون ساختند.

در قرن اخیر، پیرامون آرامگاه ابن سینا بحث ها و مناقشات فراوان درگرفته، و جمعی معتقد به وجود قبر او در همدان، و جمعی معتقد به وجود آرامگاه او در اصفهان بودند. در اصفهان، دو موضع از قدیم الایّام ما بین مردم اصفهان به نام قبر ابوعلی سینا شهرت داشته است: اوّل: مدرس ابن سینا، که گنبدی آجری بر روی اتاقی چهارگوش بوده، و گویند محل تدریس او بوده، و محلّ قبر او را در آن جا نشان می دهند، و مطابق نقل اهالی محل، سنگ نوشته ای بر روی قبر بوده که مالک آن بنا، سنگ نوشته را ناپدید ساخته است.

دوم: در پشت مسجد شیخ لطف اللّه اصفهان، در جایی که تیمچه حیدر خوانده می شود، و در قدیم، جزو محلّه تخت گنبد و در حوالی حمّام و مسجد دوشنبه دین و باغ خلفا و کوچه باقالی فروشان قرار داشته، گفته می شود مدرسه خواجه ملک وجود داشت، و قبر ابن سینا با سنگ لوح دیده می شد که سنگ نوشته آن را به جایی نامعلوم بردند.

محقّقین و مورّخین اصفهان، همچون استاد همایی و محمّد صدر هاشمی برای اثبات وجود قبر ابن سینا در اصفهان و احداث آرامگاهی شکوهمند بر مزار او تلاش بسیار کردند؛ امّا عاقبت، حکومت آن زمان، ضمن برپایی مراسم هزارمین سال تولّد ابن سینا، در همدان آرامگاهی بر سر قبر منسوب به او برپا ساخت.

فایده: در مجموعه شماره 101 کتابخانه آیت اللّه مرعشی، رساله شماره 2: ترجمه حال ابن سینا، از نویسنده ای نامعلوم، که حیدر بن علیّ بن اسماعیل بن عبدالعالی هاشمی کرکی در سه شنبه 2 ذی قعده 1072ق کتابت نموده، بیوگرافی او را به طور مختصر می نویسد، و پس از ذکر مؤلّفات او در آخر می گوید: ابن سینا در همدان مرده، و در آن جا دفن شده، و پس از آن، جنازه اش را به اصفهان نقل کردند.

در باب مذهب ابن سینا می توان گفت به لحاظ رواج فراوان مذهب اسماعیلی در بخارا و به خصوص در دربار سامانی، رفت و آمد پدر ابن سینا در محافل اسماعیلیان، و شواهد و