فيما أحرق من (مؤسسات الشيعة) وبيوتهم، ومدارسهم في الكرخ.
(ثانيتهما مكتبة أستاذه السيد المرتضى) التي كانت تحتوي على ثمانين ألف كتاب، والتي لازمها ثماني وعشرين سنة كل هذه العوامل، وعوامل أخرى أدت إلى نشوء (الشيخ الطوسي) وتكوين ذهنيته، وثقافته الواسعة).
وقد انتقل (الشيخ الطوسي) إلى (النجف الأشرف) سنة 448 حينما كبس على داره وأخذ ما وجد من دفاتره وكرسي كان يجلس عليه للكلام كما يقول ابن الجوزي.
وظل بالنجف يمارس مهمته في (زعامة الشيعة) والتدريس والتأليف وتطوير مناهج الدراسة الفقهية اثني عشر سنة حتى أن آثره الله لدار لقائه في محرم سنة 460 عن خمس وسبعين سنة.
ومهما كان من أمر فقد أتيح (للشيخ الطوسي) أن يبلغ بالمدرسة التي فتح أبوابها أستاذه (المفيد والمرتضى) إلى القمة، ويفرض وجودها على الأجواء الثقافية في بغداد وفي العراق عامة.
حتى أن الخليفة القائم بأمر الله بن القادر بالله جعل له كرسي الإفادة والبحث، ونصبه لهذا المكان الرفيع، وكان لكرسي الإفادة والكلام مقام كبير يومذاك ب‌ (بغداد).
وهذا يعني أن (الشيخ) فرض وجود المدرسة رغم ميول الجهاز المعادية، ورغم معارضات المذاهب الكلامية والفقهية الأخرى على أجواء العراق الثقافية.
وقدر له لأول مرة أن يفتح باب الاجتهاد المطلق، والنظر والرأي على مصراعيه واسعا، وأن ينظم مناهج الاستنباط والاجتهاد، ويأصل الأصول، ويضع مناهج البحث للأصول، ويفرع المسائل، ويضع