محمد بن النعمان الشهير بالشيخ المفيد عطر اللّه مثواه، فلازمه ملازمة الظل، و عكف على الاستفادة منه، و أدرك شيخه الحسين بن عبيد اللّه ابن الغضائري المتوفى سنة 411 ه، و شارك النجاشي في جملة من مشايخه، و بقي على اتصاله بشيخه حتى اختار اللّه للأستاذ دار لقائه في سنة 413 ه، فانتقلت زعامة الدين و رئاسة المذهب إلى علامة تلاميذه علم الهدى السيد المرتضى طاب رمسه، فانحاز شيخ الطائفة اليه، و لازم الحضور تحت منبره، و عني به المرتضى، و بالغ في توجيهه و تلقينه، و اهتم له أكثر من سائر تلاميذه، و عين له في كل شهر اثني عشر دينارا، و بقي ملازما له طيلة ثلاث و عشرين سنة، و حتى توفي السيد المعظم لخمس بقين من شهر ربيع الأول سنة 436 هفاستقل شيخ الطائفة بالإمامة، و ظهر على منصة الزعامة، و أصبح علما للشيعة و منارا للشريعة، و كانت داره في الكرخ مأوى الأمة، و مقصد الوفاد، يأتونها لحل المشاكل و إيضاح المسائل، و قد تقاطر اليه العلماء و الفضلاء للتلمذة عليه و الحضور تحت منبره و قصدوه من كل بلد و مكان، و بلغت عدة تلاميذه ثلاثمائة من مجتهدي الشيعة، و من العامة ما لا يحصى كثرة.

و قد اعترف كل فرد من هؤلاء بعظمته و نبوغه، و كبر شخصيته و تقدمه على من سواه، و بلغ الأمر من الاعتناء به و الاكبار له أن جعل له خليفة الوقت القائم بأمر اللّه- عبد اللّه- ابن القادر باللّه- أحمد- كرسي الكلام و الإفادة، و قد كان لهذا الكرسي يومذاك عظمة و قدر فوق الوصف، إذ لم يسمحوا به إلا لمن برز في علومه، و تفوق على أقرانه، و لم يكن في بغداد يومذاك من يفوقه قدرا أو يفضل عليه علما فكان هو المتعين لذلك الشرف.

هجرته الى النجف الأشرف:

لم يفتأ شيخ الطائفة إمام عصره و عزيز مصره، حتى ثارت القلاقل و حدثت الفتن بين الشيعة و السنة، و لم تزل تنجم و تخبو بين الفينة و الأخرى، حتى اتسع نطاقها بأمر طغرل بيك أول ملوك السلجوقية، فإنه ورد بغداد في سنة 447 ه،